1882年3月20日
農商務省博物局付属の動物園として開園。
1883年-1901年
アジアゾウ、トラ、ヒョウ、シフゾウ、ハリモグラ、ニホンオオカミ、アホウドリ、ウシウマ、トキ、シマフクロウなどが来園。
1902年
ドイツ帝国ハンブルクのハーゲンベック動物園からライオン、ダチョウ、ホッキョクグマなどが来園。
1903年-1935年
キリン、カバ、チンパンジー、ゴールデンライオンタマリン、テングザル、メガネザル、レッサーパンダ、ナマケモノ、センザンコウ、タイマイ、クロツラヘラサギ、モリバトなどが来園。
1924年2月1日
管理者が東京市となる（皇太子御成婚記念による特旨）。
1936年
クロヒョウ脱出、14時間後に無事捕獲。
1937年
日本で初めてキリンが繁殖する（ただし、この時点で繁殖賞は存在しない）。
1938年
日本で初めてカバが繁殖する。
1943年-1945年
ゾウや猛獣が戦時処分される。
1949年
ゾウ「インディラ」と「はな子」来園。
1950年
国内で初めてノドジロオマキザルの繁殖に成功する（これ以降、繁殖賞を受賞）。
1952年
海水水族館完成。
1959年
アフリカ生態園完成（1979年まで）。
1961年
国内で初めてオランウータン、カリフォルニアアシカの繁殖に成功する。
1962年
国内で初めてジャガー、コビトカバの繁殖に成功する。
1972年
ジャイアントパンダ「カンカン」と「ランラン」来園。パンダブームが起こる。世界で初めてニシアフリカコビトワニの繁殖に成功する。
1977年
国内で初めてマナヅルの人工授精に成功する。
1985年
国内で初めてチンパンジーの人工授精に成功する。
1986年
ジャイアントパンダ「トントン」が誕生。
1989年
ズーストック計画実施。
1990年
国内で初めてアムールヤマネコ、ベルツノガエルの繁殖に成功する。
1996年
ゴリラ・トラのすむ森完成。
1997年
世界最高齢のゴリラの雄「ブルブル（推定44歳）」が死亡。
1999年
両生爬虫類館完成。
2001年
アイアイ、オカピ来園。
2002年
国内で初めてアカガシラカラスバト、ハダカデバネズミなどの繁殖に成功する。
2003年
国内で初めてアイアイ、タテガミオオカミの繁殖に成功する。
2004年
ゾウのすむ森完成。国内で初めてオグロヅルの繁殖に成功する。
2006年
クマたちの丘完成。
2007 平成19年 新フラミンゴ舎オープン。ゴリラのオス“ハオコ”来園。
2008年4月30日
パンダ「リンリン」慢性心不全により死亡（22歳）、最大5頭飼育されていたパンダが居なくなる。インドネシア・タマンサファリからスマトラトラのメス“マニス”来園。
2009年5月23日
アイアイのすむ森オープン。
ニシローランドゴリラの“モモコ”がメスを出産、“コモモ”と命名。
2010 平成22年 天然記念物の下北半島のニホンザルの展示開始。フォッサ日本初公開。
2011 平成23年 ジャイアントパンダの“リーリー”と“シンシン”が来園。東日本大震災の影響で、３月17日より31日まで閉園し、４月１日の再開とともにジャイアントパンダも公開。「ホッキョクグマとアザラシの海」オープン。
2012 平成24年 開園130周年。ジャイアントパンダのペアリング、出産するが７日で死亡。
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